Hoewel Nehemia de muren van Jeruzalem gerestaureerd had, bleven de moeilijkheden hem allerminst bespaard. Tobia en de andere tegenstanders van de Joden ergerden zich wezenloos toen ze zagen dat de stadsmuur ondanks hun pogingen om dat te verhinderen snel en goed werden opgebouwd. De gigantisch dikke stadsmuur werd in 52 dagen voltooid. Veel mensen werden voor dit werk gebruikt. Ze deden hun werk blijmoedig omdat ze in een goede flow kwamen door wat ze deden. Ze deden alles van harte voor God. Toen de vijanden hoorden dat de muur voltooid was werden ze woedend. Ze benijdden de Joden om hun voorspoed en succes, en ze vonden het betreurenswaardig dat de muur weer opgetrokken was. Als dit het werk van God was, dan had het feitelijk geen zin om Nehemia tegen te werken omdat zijn werk zeker zou slagen.
Ondanks de zegen van zijn God had Nehemia er verdriet van dat mensen van zijn eigen volk verraderlijk contact met Tobia de Arabier onderhielden. Velen in Judea hadden een geheim verbond met hem gesloten om de belangen van zijn land te bevorderen, hoewel dat de ondergang van hun eigen land bespoedigde. Ze hadden Tobia beloften van trouw gezworen, niet als hun vorst maar als vriend en bondgenoot. Dat deden ze omdat hij en zijn zoon dochters van Israël getrouwd hadden. ( vs 18 ) Hoewel er door deze huwelijken heidenen tot het Israëlisch geloof bekeerd werden, werden er voor elke bekeerling tien Joden afvallig. Ze nodigden Nehemia ook uit om vriendschap met Tobia te sluiten, maar stiekem haatten ze hem, en zaten ze vol valse plannen. Gelukkig had de Heere andere gedachten over Nehemia.
Toen de muren puntgaaf afgemaakt waren, liet Nehemia de poorten openzetten.Tegelijkertijd stelde hij bewakers over de stadspoorten aan. Nu was de tijd aangebroken om de tempeldienst weer te hervatten. Nehemia gaf zijn broer Chanani de verantwoordelijkheid voor de veiligheid van Jeruzalem. Chananja, de officier van de soldaten hielp hem daarbij. Chananja was verantwoordelijk voor de verdediging van de stad. Niemand was zo betrouwbaar als hij. Bovendien had hij grote eerbied voor de Heere. Chananja gaf bevelen over het sluiten van de poorten en het bewaken van de muren van Jeruzalem. De omvang van de stad was groot. De muren omsloten hetzelfde grondgebied als dat vroeger het geval geweest was. Maar een groot deel van deze grond lag er nog woest en onbewerkt bij omdat de huizen lang niet overal herbouwd waren. Dode muren zonder levende wachters vormden natuurlijk maar een armzalige verdediging van de stad. Daarom wees Nehemia poorters, zangers, en Levieten hun plaats en hun werk aan. Hoewel het volk nog maar gering in aantal was, geloofde Nehemia dat het in de toekomst vermenigvuldigd zou worden en daarom bouwde hij de muren profetisch ruim op! Vervolgens gaf hij de oversten van de stad bevelen om iedere avond aanwezig te zijn en ervoor te zorgen dat de stadspoorten gesloten werden. Bovendien mochten de poorten `s morgens pas geopend worden als de kust veilig was. Nehemia plaatste schildwachten die in geval van het naderen van de vijand tijdig de stad konden waarschuwen. Nehemia plaatste elke man die wacht moest lopen zeer strategisch tegenover zijn eigen huis en gezin zodat hij ervan verzekerd was dat de wachten bijzonder waakzaam zouden zijn.
Nehemia besefte heel goed dat de veiligheid van de stad onder God veel meer afhankelijk was van het aantal en de moed van de inwoners, dan van de hoogte of sterkte van haar muren. Daarom leek het hem goed om de boeken van het volk te raadplegen zodat hij te weten zou komen welke geslachten zich vroeger in Jeruzalem gevestigd hadden, en hij deze mensen terug kon brengen naar de plek waar ze hoorden. Nehemia bestudeerde de geslachtsregisters nauwkeurig en ging daarbij zo ver dat hij precies naging of ze de Heere echt dienden en door hun godsdienst en door hun werk in staat zouden zijn om in Jeruzalem te komen wonen en de huizen te herbouwen. Met van God gegeven wijsheid wist Nehemia de bevolking zodanig in te delen dat er een goed evenwicht tussen bewoners van de stad en van het platteland ontstond. Nehemia bleef nederig en gaf alle eer van zijn inzicht en wijsheid aan de Heere, terwijl hij zei: “ Mijn God gaf het in mijn hart! “
Nehemia riep de bestuurders en het volk bij elkaar om een nauwkeurig verslag te ontvangen van de huidige staat van hun geslachten, van hun aantal, hun kracht, en van de plaats waar ze woonden. De dappere integere en wijze Nehemia bestudeerde de oude geslachtsregisters nauwkeurig en diepgaand. Op die manier kon hij precies vaststellen wie er bij de allereerste lichting van mensen hoorden die naar Jeruzalem getrokken waren. Het geslachtsregister dat Nehemia maakte was bijna identiek aan dat van Ezra wat de namen van de families betreft. De aantallen mensen waren echter nogal verschillend. Dat is waarschijnlijk gekomen door fouten van mensen die de registers overgeschreven hebben, of door het verschil in de handschriften waaraan zij ontleend zijn. Er waren priesters die niet aan konden tonen dat de families waartoe ze behoorden Israëlisch waren. Op grond daarvan werden ze onrein verklaard en van het priesterschap uitgesloten. Nehemia liet hen weten dat ze niet van de allerheiligste offergaven in de tempel mochten eten totdat er een priester was die met behulp van de orakelstenen uitspraak kon doen.
Nehemia werd niet alleen met moeilijkheden van buiten, maar ook met problemen van binnenuit geconfronteerd. Sommige Joden aarzelden niet hun minder bedeelde broeders uit te buiten. Valse profeten probeerden Nehemia bang te maken, en bleken door de vijand te zijn omgekocht. Sommige Joodse notabelen verborgen hun affiniteit met een van de gevaarlijkste tegenstanders niet. Maar Nehemia werd door zijn geloof in de Heere bemoedigd om moedig, wijs en rechtvaardig te reageren. De hulp die hij aan de minderbedeelden bood en zijn krachtig verzet tegen de vijanden waren voorbeeldig. En zo vestigden de priesters, Levieten, poortwachters, tempelzangers, een deel van het volk, de tempelknechten en alle Israëlieten zich in hun steden en in Jeruzalem!
Wat een geweldige dingen bracht deze man tot stand. Opvallende details: Nehemia`s blijvende biddende afhankelijkheid en samenspraak met God, zijn moed om op te treden waar dat nodig was, en zijn vasthoudendheid aan de Goddelijke wetten.